Las funciones administrativas están a cargo de una Junta conformada de cinco miembros: tres de ellos nombrados por la Asamblea de Fundadores, uno designado por el Poder Ejecutivo de Costa Rica y otro por la Municipalidad del Cantón de Pérez Zeledón, domicilio legal de la Fundación.

Los miembros de esta Junta colaboran en forma ad honórem. Ellos son: